選前挺謝的前中研院院長李遠哲，今天碰到馬政府熱門閣揆人選劉兆玄，兩度被安排坐在一塊，但兩人互動尷尬，眼神毫無交會，由於外界一再點名，劉兆玄是可能的閣揆人選；對此，劉兆玄拒絕回答沒給新答案，而李遠哲則是冷冷的回應，他不加入「報派」的工作。
選前公開挺謝批馬的李遠哲，和新任閣揆大熱門劉兆玄不期而遇，同時出席中興大學的學術活動，一前一後到，兩人都被安排在貴賓室休息，同坐在一張沙發椅上，唯一的交談僅僅幾秒鐘。東吳大學校長劉兆玄：「你怎麼來的？」前中研院院長李遠哲：「我開車來的。」劉兆玄：「喔。」
坐在一塊，兩人眼神盯著前面，李遠哲渾身不自在，尷尬的起身找別人交談，說巧不巧，進了會場兩人的座位又被安排在隔壁座，但兩人互動幾乎等於零。劉兆玄：「貴賓室，靠窗子的，靠窗子的。」
選前公開推薦謝長廷，開出的選票卻慘敗給馬英九，長昌敗選議題，李遠哲隻字不提，對於馬蕭勝選的內閣人事猜謎，李遠哲也置身事外。
李遠哲：「我要恭喜馬總統跟蕭副總統，他們順利當選，這個是台灣民主化的過程中，很好的事，經過選舉之後，新政府就這樣選出來。」記者：「現在校長，劉校長的呼聲很高。」李遠哲：「我不要參加報派的工作。」
選後連續3天，劉兆玄都被追問同一個問題，他會不會接任馬政府的新閣揆？記者：「你還是有考慮要接任新閣揆？」劉兆玄：「沒有，沒有沒有，我都講過了，不要每天問我同樣的問題。」
拒談閣揆人選，對於教育部長，劉兆玄倒是開出條件。劉兆玄：「教育部長比較不應該，牽涉太多意識形態跟政治活動，牽涉太多意識形態跟政治活動，他應該在社會上，讓人家覺得他是一個，比較中性的，而且是可以作為表率的，這樣子對於形象比較好。」
同樣身處學術界，政治立場不同的李遠哲和劉兆玄，在選後的這場會面，氣氛在微妙中也帶著尷尬。
