總統大選整個投開票過程，陳水扁總統都待在玉山官邸內，掌握選情變化，在投票結果出爐之後，陳總統發出新聞稿，對正副總統當選人馬英九和蕭萬長，表達恭賀之意，總統也強調520前，將全力維持政局安定。只是警政單位原本擔心，會有民眾因為敗選到玉山官邸鬧事，幸好只有少數倒扁民眾零星叫囂，沒有造成衝突。
擔心敗選民眾鬧事的危機，隨著票數差距拉大暫時解除，傍晚5、6點鐘，原本守護在總統府前的警備車隊，只留下1/3。
車隊高分貝放送倒扁歌曲，繞著玉山官邸，50多名警力快速轉移陣地，晚間8點鐘開始，在官邸週邊放起路障封路，擴大封鎖範圍，加強戒備。
偶爾有經過的車輛搖下車窗，揮舞國旗，機車騎士也跟著叫囂，連騎腳踏車的民眾也加入，這位老伯直接步行表達不滿，不過通通都遭到保警趨離。
據了解，陳水扁總統整晚都在官邸，跟幕僚開會，憲兵司令也專程赴官邸報告選後情勢，總統府也在結果出爐後，發出新聞稿，對新任正副總統當選人馬英九及蕭萬長表達恭賀之意，對謝長廷及蘇貞昌也表達肯定與慰勉，陳總統重申，520之前，將全力維持政局安定，協助完成政權交接。
◎總統府新聞稿全文：
陳總統、呂副總統對於第12任總統副總統選舉順利平和結束發表看法
陳總統暨呂副總統今晚表示，第十二任總統暨副總統選舉經由全民熱烈參與已順利完成，過程儘管激烈，但雙方陣營均展現民主風範，整體選務及投開票作業也相當平順，充份展現台灣民主政治的成熟與人民的民主素養。對此，總統暨呂副總統要向所有投入選舉及參與選務的相關人員，表達敬意與感謝。
總統暨呂副總統也對新任總統當選人馬英九先生及副總統當選人蕭萬長先生表達恭賀之意，並且對謝長廷先生及蘇貞昌先生表達肯定與慰勉。總統重申，520之前，政府將全力維持國家政局安定，協助第12任正副總統順利完成政權交接事宜。
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