兩岸議題，從統獨到安全也讓謝馬激辯！辯論會上，謝長廷就問了不主張獨立的馬英九，如果台灣的狀態不是獨立，那又要怎麼選總統？馬英九則是強調一貫的兩岸政策基調，就是不統不獨不武。
大陸對準台灣的1千多顆飛彈怎麼防？馬謝唇槍舌戰。民進黨總統候選人謝長廷：「大陸缺少一個強者的妥協，1千顆的飛彈對準台灣，這不是當然的事情，這別的國家都沒辦法忍受的，一定要有防衛的能力，才有實力去談判！所以我主張我們必須採購防衛的武器，但是我是反對採用攻擊性的武器。」
國民黨總統候選人馬英九：「如果要談和平問題的話，大陸應該先把飛彈撤除，我們不願意在飛彈陰影下，來進行有關兩岸和平。我主張一個小而強的國防，對攻擊性武器大量毀滅的或是核子武器，我們不該開發，其他應該斟酌它的性質。」
武器要防禦性還是攻擊性，馬謝各持己見，敏感的統獨問題，更是激烈過招。謝長廷：「像馬先生宣布說我們不是獨立，不是獨立，為什麼你在選總統？不是獨立國家，你怎麼選總統！不管這國家叫做什麼名字。」
馬英九：「就是在我任內，絕對不會和對方談統一問題，我是所謂反共不反華，就是這樣的考慮。不必去制定新憲，一樣可以推動台灣的民主，我堅守台灣主權立場不會下於謝先生。」
從統獨談到艱困的外交，馬英九深化自己的反共形象，謝長廷卻到打一把。馬英九：「今天我們中華民國的外交，為什麼會有這麼多困難？都是中共造成的，中共的邦交國有171個，我們只有23個，可是他在國際間不斷打壓我們，這個使我們台灣人感到憤怒，而不能忍受的！」
謝長廷：「中國外交的打壓是不分黨派的，馬先生也提不出什麼看法啊，寄託於中國的善意。」
觸及兩岸國防外交，站上總統候選人的高度，馬謝展現截然不同的方向主張。
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