整場總統辯論會中，最精采的應該算是2位候選人交叉辯論的時候了。謝長攻馬英九的綠卡和誠信，馬英九則鎖定謝長廷親信被起訴的問題，質問謝長廷要不要幫他們負責。謝長廷立刻還擊，還反問馬英九自己就被起訴，雙方過招火藥味十足。
馬英九謝長廷誰清廉？馬謝詰問火藥味十足，謝長廷更檢驗起馬英九做過的各種承諾。國民黨總統候選人馬英九：「民進黨執政8年以來，一共有21位政務官，因為貪污被起訴求刑，或者一審被判刑，您跟您的副手合起來，當了2年多的行政院長，難道不用負責嗎。」
民進黨總統候選人謝長廷：「你被起訴就說被冤枉，是政治打壓，人家被起訴，人家還在上訴，還在抗辯，你就說那是貪污集團，我認為你完全是雙重標準。」
馬英九：「你剛才很積極的在為，高雄市府團隊來辯護，我在台北市政府8年，沒有1位政務官被起訴，因為貪污罪，你難道不應該為這些人負責嗎。」
謝長廷：「你說你沒有一個政務官被起訴，你自己就被起訴，怎麼這麼奇怪的邏輯呢，你自己都被起訴了，難道不應該道歉嗎，你為了打擊我，把他們的名字(幕僚)做廣告，有的根本就起訴而已，跟你一樣起訴他們沒有選總統，你選總統被貪污罪起訴，你還在這裡指責別人被起訴，我實在覺得不可思議。」
到了結辯，雙方依舊緊咬對手不放。謝長廷：「你講的多好聽，你沒有執行力，這個都是假的啦，沒有用嘛。」
馬英九：「我的部屬絕對不准他們貪污，如果有我一定嚴辦。」
謝攻馬英九的能力，馬英九主攻綠營的清廉問題，搶攻對手罩門，就看誰能在選戰中得分。
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