疆獨領袖熱比婭表達訪台意願，行政院以國家利益為由拒絕，更強調擔心她會帶來恐怖主義，這兩大理由讓熱比婭非常不滿，在美國砲轟馬政府，甚至要求台灣必須對這樣的發言道歉，不過行政院長吳敦義態度強硬，認為政府沒錯、不必道歉。
她是疆獨領袖熱比婭，卻是馬政府眼中的恐怖份子。內政部長江宜樺（98.09.25）：「我們很不希望，恐怖主義的陰影會帶到台灣，決定建議我們政府，禁止熱比婭的入境。」
以恐怖主義之名，拒絕熱比婭入境，這可惹火了熱比婭。世界維吾爾代表大會主席熱比婭：「我很驚訝，自由民主台灣會認同大陸(關於我們是恐怖組織)的說法，我希望台灣政府對此道歉，並且收回這樣的指控。」
行政院長吳敦義：「不歡迎一個影響我國家跟利益，跟全民利益的人入境，如果沒有錯，就不必道歉。」
行政院有備而來，強調熱比婭的親信，世維大會秘書長多理昆•艾莎涉及恐怖活動，9月中訪問南韓時，就被官方滯留3天，更被拒絕入境。吳敦義：「包括韓國也拒絕她入境呀。」記者：「日本贊成？」吳敦義：「日本的國家的處境，和我們還是有相當大的差異啦。」
熱比婭：「我覺得相當遺憾並且失望，世界維吾爾大會和我本人，我們都是反對任何形式的暴力。」
熱比婭來台都還只是個議題，沒人提出申請，政府先發制人，拿出「恐怖主義」和「國家處境」兩頂大帽子，拒絕熱比婭入境，就怕台灣內部吵得火熱的政治話題，會燒成兩岸交流的超大難題。
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