達賴喇嘛離台超過2個星期，但後續政治效應依然餘波盪漾，監察院接獲民眾陳情，認為南部7縣市首長邀請達賴訪台祈福，獨厚特定宗教，違反政教分離原則，發函給內政部，要求相關縣市政府，清楚交代邀訪達賴過程與經費運用。綠營立委痛批，根本就是秋後算帳，向對岸表態示好。
邀請達賴喇嘛來台祈福，南部綠營執政的7縣市，15日收到內政部發函，要求限期答覆，法王來台的邀訪過程和經費支用情形。在野黨立委直批離譜，認為馬政府別有用心。
民進黨立委田秋堇：「這個動作我覺得第一，對達賴喇嘛非常的失禮，我覺得不只是秋後算帳，我覺得這裡面會不會，有人去運作，就是要向某方面，會不會是向中國交心表態的動作。」
因為有民眾向監察院陳情，認為邀請達賴的過程中，違反了大法官釋字490號解釋，對於特定宗教，國家不能獎勵或禁制、給予特定信仰優待或不利益，否則就有獨厚嫌疑！於是監察院要求主管宗教的內政部說明，反而引發外界質疑。
內政部長江宜樺：「(監院)來函轉給地方政府答覆，所以我們基本上沒有加什麼，意見在裡面，我們對這件事情是沒有，什麼預設的立場。」監察委員程仁宏：「我們認為只要該調查，沒有什麼顏色之分，只有是非跟對錯。」
監察委員解釋書面函覆是正常程序，用來了解案情，只是達賴訪台牽涉敏感兩岸問題，此時大動作發函調查，難免令外界產生政治聯想。
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