劉兆玄在內閣總辭之前，原本還說改組只會比小幅大一點，沒想到卻變成總辭；而且下台之前，還積極接受媒體專訪，政壇就以此盛傳，劉兆玄其實一直都做好留任的準備，但後來劉兆玄想力保副院長邱正雄，才讓馬總統最後決定換掉內閣。
星期一下午，劉兆玄在行政院宣布請辭。行政院長劉兆玄(2009.9.7)：「馬總統對我一向非常支持，昨天晚上(9/6)還到我住的地方。」
但1個鐘頭內，總統府立刻對外宣布正副閣揆，吳敦義和朱立倫，外界都認為，新閣揆是馬總統自己主導。
其實，馬總統早在9月3、4、6日，已經三度和吳敦義會面，敲定組閣，直到6日才對劉兆玄說，「勉強」接受請辭，對劉揆馬總統似乎有所隱瞞。
只是，劉兆玄剛剛請辭，總統府迫不及待宣布新人事，前後看得出來有些尷尬，外傳撤換劉兆玄的關鍵點，就是歐晉德。高鐵執行長歐晉德：「我想我都不合適評論或講任何事情吧，我不在那個位子上。」
歐晉德上個月，一度以高鐵執行長的身分，出席八八風災的重建會議，當時盛傳歐晉德是先來熟悉業務，可能接掌秘書長或是副院長；外傳是因為馬總統想安插救災經驗豐富的歐晉德入閣，但劉兆玄力保財經經驗豐富的邱正雄，馬、劉用人主張不同，成了劉兆玄去留關鍵。劉兆玄(2009.9.2)：「謠傳都沒有根據，也可能有人在『放話』也不一定。」
請辭前劉兆玄接受專訪，談用人、談改組，都認為自己掌握改組權力，現在承擔責任下台，有沒有非個人主觀意願以外的因素？各界好奇。
