吳敦義接任行政院長，但他在國民黨內鮮明的孤鳥性格，馬上引起朝野陣營的關注，國民黨立委含蓄地形容他「做事很堅持」，難免會得罪人，朋友不多；吳敦義具有本土背景，遠在大學時期，就受到當時的國防部長蔣經國，跟馬總統父親馬鶴凌賞識，後來馬總統幾次重要選舉當中，吳敦義也始終相挺，建立革命情感。
講到吳敦義性格，立委同僚有這樣的評價。國民黨立委吳清池：「太堅持的話，當然他旁邊的朋友，就會比較少。」民進黨立委邱議瑩：「他就是很假、奸詐。」
吳敦義的孤鳥性格鮮明，但也就是不露野心、不談人事，又具有本土派背景，深獲高層信賴；大學時期寫了一篇「台大人的十字架」，受到當時的國防部長蔣經國、馬總統父親馬鶴凌賞識，後來跟馬總統互動更是不在話下。
國民黨立委吳育昇：「馬英九先生競選國民黨主席時候，當時吳敦義已經在立法院，所以我印象很深刻他是清楚地，就是支持馬總統。」
吳敦義有個特別的嗜好，就是喜歡看霹靂布袋戲，布袋戲講古說今的道理，吳敦義在政壇活用應對，如今霹靂上台，張力比布袋戲還更有金光效果。
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