曾經擔任高雄市長的吳敦義，確認接掌行政院長，綠營的縣市首長怎麼看呢？高雄市長陳菊期許他可以平衡南北差距，高雄縣長楊秋興及台南縣長蘇煥智，則是希望他儘快到災區看看，全力推動治水計畫及掌控災區重建進度。
揚言發動萬人遊行，促進中央5年完成治水計畫的台南縣長蘇煥智，對於新內閣有著這樣的期許。台南縣長蘇煥智：「新任閣揆上任，優先的課題就是如何治水，如果治水做不好，我想新內閣大家還是不能信賴。」
高雄縣長楊秋興：「新內閣要趕快到災區來瞭解一下，對重建工作要很快掌控，掌握進度，因為重建工作是很繁重的。」
內閣改組，災區的縣市首長說，他們尊重總統的選擇，也給予祝福，最擔心的是災區重建的速度，受到新舊交替的影響變慢了；而非災區的綠營首長，又怎麼看呢？
高雄市長陳菊：「我相信新的行政院長未來對於大高雄，南方的議題，比別人更熟悉，我相信在未來南北平衡上，他會給南方更多的支持。」
陳菊期許曾經擔任高雄市長的新閣揆吳敦義，不要忘了南方人的期待，可以平衡長期來的南北差距。
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