宣布請辭的閣揆劉兆玄，昨天在記者會上感謝馬總統，對他非常支持，一直到星期天晚上，才勉強接受他請辭，但其實總統在會見劉兆玄之前，早就三度和新閣揆吳敦義密商組閣大計，撤換閣揆，馬總統一手主導，似乎早有定見，也讓這次政壇大地震，傳出拉劉下台的陰謀論。
內閣總辭事前保密到家，府方一度釋放馬劉不動的煙霧彈，到最後一刻，劉兆玄還感念總統力挺。行政院長劉兆玄(2009.09.07.)：「總統對我一向非常支持，昨晚(6日)他到我住的地方，就是我媽媽的家，跟我談到深夜。」
但其實，馬總統早在9月3、4、6日，已經三度和吳敦義會面敲定組閣，直到6日才表示，「勉強」接受劉兆玄二度請辭，顯示堂堂閣揆也被矇在鼓裡，甚至劉兆玄下午4點半公開請辭，才隔半小時，總統府就迫不及待，宣佈人事。
總統府發言人王郁琦(2009.09.07)：「吳敦義為行政院長，桃園縣長朱立倫為行政院副院長。」
連副閣揆朱立倫，都由府方代為公佈，看得出來新內閣由馬總統主導，政壇甚至傳出，原本小改組，卻因為馬總統想安插台北副市長吳清基接教育部長，劉兆玄反對，馬劉堰塞湖爆發，才淹沒行政院各部會，形成滅閣。
再加上當初向劉內閣開第一槍，引發政治土石流的人，正是馬總統好朋友，過去的核心幕僚林火旺，藍營內部看這次改組，更指向是倒劉卡位勢力一路運作，並不單純。
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