行政院長劉兆玄宣布內閣總辭，引發震撼，總統府在劉揆記者會後，也召開記者會，回應內閣改組相關議題，並正式宣佈行政院長由吳敦義接任，副行政院長則是徵召桃園縣長朱立倫。
總統府發言人王郁琦：「因為莫拉克風災，為擔負政治責任，行政院長劉兆玄去意甚堅，他認為應一肩扛起政治責任，不過總統認為當下應該忍辱負重，堅守崗位完成救災工作，待救災工作再議。
當時劉揆悍然允諾，但仍堅持9月初將對全民負責，劉揆任內最後2週，親自南下坐鎮與災民面對面，對救災不遺餘力，目前有9成2的災民安置在國軍、退輔會的房舍，道路橋樑也搶通8成5以上。
為幫助災民，8月27日立法院也通過了莫拉克災後重建條例，撥出1200億元的預算，協助重建，劉揆救災後，民意調查滿意度回升到54%，在在顯示劉揆認真與努力；直至昨晚馬總統親赴劉院長寓所內懇談，劉院長仍認為應負責，請辭獲准。馬總統認為，劉揆的作為堪為中華民國史上，擔負政治責任的典範！」
最後府方宣佈新任閣揆，將由國民黨秘書長吳敦義出任行政院長，副手則徵召桃園縣長朱立倫出任；晚間六點新任閣揆、副閣揆將對外召開記者會。
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