為了參選花蓮縣長，8月6日葉金川不顧國內新流感疫情升溫，毅然決然辭去衛生署長一職，搬到花蓮爭取選民認同，期間國民黨中央更不避嫌，多次展現力挺葉金川的姿態，讓深耕花蓮、有意角逐縣長的其他黨內候選人，很不滿，不惜槓上黨中央，。排除萬難，葉金川從傳出參選到初選意外落馬，不到短短2個月，花蓮縣長夢碎，同時也打亂了國民黨花蓮選戰佈局。
拋棄一切，葉金川到花蓮選縣長，短短2個月卻只南柯一夢。前衛生署長葉金川：「第一個花蓮縣民要能夠接受，第二個要能夠促進黨內和諧，我會考慮(選花蓮縣長)。」
「考慮」這兩個字被媒體追問好幾天，7月1日葉金川終於露了口風，選不選態度曖昧，卻丟出不參加黨內初選的震撼彈，引爆花蓮選戰爭議；7月23日有人拋出煙霧彈，說葉金川其實想選的是台北市長，逼的葉金川不敢再矜持，還向國民黨中央喊話「快點徵召我吧」。
10天後，新流感疫情升溫，葉金川防疫放兩旁，開記者會宣布花蓮縣長他選到底。葉金川：「我原來就是不想當衛生署長，選縣長是看到這個情勢，我也看不過去，我也想就是說做一個知識份子，覺得政治應該要有格調。」
少了衛生署長包袱，葉金川投入花蓮選戰不再東遮西掩，私下還想好「新花蓮人」的競選口號，8月6日卸任，更顯的迫不急待。葉金川：「我除了三害，第三害就是我自己，離開衛生署，大家都很高興。」
只是葉署長變成葉參選人，積極朝著葉縣長的目標前進，選舉之路才走了2個月，初選落馬，民眾讓葉金川吃鱉，國民黨也挨了悶棍，葉金川署長縣長兩頭空，情何以堪。
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