總統馬英九這個星期的治國週記，談的是如何對抗新流感，馬總統清楚解釋為何他暫時不啟動國安機制，理由就是不想引起不必要的恐慌，但是總統也說，他請國安會的人員進駐防疫中心，就是希望能更掌握疫情，作最有效的判斷和處置。
總統馬英九：「我們的疫苗要11月15日才能夠上市，從現在到11月15日，有2個多月時間，我們的藥夠不夠？我們的準備好了沒有？結果大家最後的結論也是由我來做裁示，就是目前我們暫時不需要啟動國安機制，暫時不需要發布緊急命令，但是我們會觀察疫情的發展，看看需不需要動員全國力量防疫的地步。
我們一方面要尊重專業，一方面要了解社會的心理和民眾的感受，所以最後做成這樣的裁示，我們採取成立專案小組，在國安會，然後由他和中央流行疫情指揮中心密切聯繫，用這種方式，我們覺得可以正確而有效地做出決定，防疫如同作戰，什麼時候由指揮官宣佈開火，這是非常關鍵的決定，一定要恰到好處，才不會過猶不及。」
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