陳前總統卸任時，帶走大量機密文件未交接，扁辦搬家時，也行文總統府和特偵組，表示有20箱文件鎖在「安全房間」，不過幕僚沒人敢動，一定要等陳前總統解除羈押後，才能親自處理，公文幾度往返，總統府要求扁辦歸還檔案未果，決定近日內提告，不過扁辦堅持只聽陳前總統的命令。
人在看守所裡的陳總統，一早就從幕僚那兒聽說了，卸任時從總統府帶回的20箱公文遲遲未歸還，總統府近日內，要對扁辦提告。
總統府發言人羅智強：「（總統府）兩度行文，請該辦公室將屬於本府公文返還，但該辦公室表示，需待陳前總統釋放之後才能處理，昨天開會決定，近日會將相關案情，移送台北地方法院檢查署。」
總統府可不準備接受「條件說」，其實20箱公文會曝光，是因為扁辦準備要搬家前，主動行文特偵組和總統府，表示有20箱公文，沒人敢動，搬家時不知該如何處理比較妥當。
特偵組回函，依法處理，總統府要求盡速歸還，扁辦又行文，得等陳前總統解除羈押後親自處理，總統府完全不能接受，再度去函，要求3日內回覆。
陳水扁卸任辦公室主任陳淞山：「我沒有看過裡面內容，我連碰都不敢碰，那些紙箱的任何東西，我想連指紋都沒有留下過，我怎麼知道裡面有多少東西，屬於總統府內部文件，扁辦只聽陳前總統的命令。」
公文往返，變成法律大戰，幕僚知道可能被告，但20箱公文去留，可不敢自己做主，堅持得聽陳前總統的。
