由於這次九合一大選綁10項公投，造成全台各地投票所大排長龍，不少民眾紛紛抱怨光是排隊就要花上1小時以上的時間，因此中選會宣布今日選舉及公投截止時間為下午4時，於下午4時前已到達投票所尚未投票的選舉人及投票權人仍可投票。
不過卻有PPT網友質疑，全國開票時間不同步，因此將會出現還有人在等投票，但另一邊卻已經在開票的現象，網友擔憂公投綁大選將投票時間拉長，部分投開票所先行開票，恐會影響正在投票的民眾。
對此，中選會表示今日16點投票時間一截止，將會指派警察或選務人員站在隊伍末端確認，而投票所投票結束後，將自動轉為開票所，開票程序將等投票所將選舉票全部開完後，填寫投開票結果報告表，再由專人送至鄉鎮市區的選務作業中心，最後則是輸入結果，進行最後的確認，開票結果才會出現在選情中心的計票網站上。
根據選罷法規定，選舉當天不能幫特定候選人拉票，媒體也不得報導相關新聞，由於這次大選綁公投，造成各地投票所大排長龍，有些民眾4點時仍在等待投票，據《蘋果日報》報導，對於有些地區已經開票，是否會影響投票行為之疑慮，或是違法選罷法相關規定，中選會至今仍「已讀不回」。
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