內閣人事大洗牌，也影響到民進黨黨務主管人事改組，多位兼任黨內一級主管的民進黨立委，520後將入閣，而退下來的政務官，將轉往黨部服務。民進黨副秘書長李應元表示，這樣的黨政人事交流，菁英換血，有助於長期執政。對於外傳他將接掌民進黨秘書長，李應元堅決否認。
一大早，媒體見到民進黨副秘書長李應元，第一句話就是。記者：「現在可以叫您秘書長了嗎？」民進黨副秘書長李應元：「不行不行！」
李應元趕忙澄清，為的是外傳民進黨秘書長張俊雄將轉任監察院院長，但是為了避免張俊雄操盤立委選戰，直接對上在野黨，影響監察院長同意權，所以高層有意讓張俊雄交棒給總統大選時表現優異的李應元。
除了秘書長層級的異動，民進黨也有意透過安排青壯派立委入閣，歷練行政經驗，為長期執政作準備，只是羅文嘉、卓榮泰、葉宜津等身兼黨務主管的立委都入閣了，一級黨務主管由誰遞補？
李應元明白指出，要衝刺年底立委席次過半的目標，黨務主管確定不由立委兼任，以免分身乏術，因此卓榮泰接任總統府副秘書長後，社發部主任的遺缺，目前高層規劃由副主任謝明達升任。
現任青年部主任的羅文嘉，入主客委會後，青年部主任可能由副主任林俊佑接任，但也不排除從黨內再覓人選這一波黨務人事改組，包括文宣部與政策會等部門中，幾位在總統大選期間表現優異的副主管都有扶正的機會，而在內閣功成身退的閣員，也可能轉任黨職，人才交流也讓院黨人事大洗牌。
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