國內4月底到5月初，爆發3起新流感事件！2件在軍營、1件在幼稚園，其中軍營部份，台中有45名士兵出現症狀，複檢6人，6人都確定是H1N1新流感，主治醫生表明，中部營區感冒的45人幾乎有95%確定是新流感，疾管局接受電話採訪時也認定，其實這45人他們也認定是H1N1，另外在嘉義也有17名士兵快篩之後有新流感反應，嘉義衛生局證實，但軍方否認，軍方長官表明他們的士兵只是類流感不是新流感。
45名士兵感冒發燒，被送到台中國軍總醫院治療，45人A型流感快篩後，全都是陽性反應，院方再隨機抽6份檢體，送疾管局化驗，6人確定都感染新流感。國軍台中總醫院醫療部主任陳立民：「95%是N1N1，所以這一批幾乎都是，我們篩選6位複檢，全都是H1N1。」
醫師說，感染新流感的士兵是台中陸軍十軍團，45名士兵症狀減緩後，10日陸續出院，由營區軍醫師繼續觀察病情。另外，嘉義中坑營區有17名士兵流感快篩後也呈現陽性反應，但該營區強調非新流感病例。
嘉義中坑營區發言人：「全旅並沒有A型流感，更不要說新流感，連A型流感通通都沒有，我們有部份流感的人員，但人數都在10人以下。」
雖然國軍出現大規模新流感群聚感染，但衛生署長楊志良出面信心喊話，強調疫情沒有擴大的跡象。衛生署長楊志良：「要非常大規模的，我想可能性不大，但是這種每個階段有群聚，應該是可以預期的。」
5月8日，新流感才又奪走一命，國軍單位不敢大意，台中后里營區外設置了體溫測量站，官兵進出全面量體溫、溫度偏高就要戴口罩，國軍弟兄全面消毒營區，希望幫忙控制疫情擴大。
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