2月6日半夜3點57分高雄美濃發生規模6.4強震，時間剛好發生在小年夜，不少返鄉旅客都受到影響，高鐵原本今天下午5點要開放台中-高雄南下車次，但現在確定無法開放了，原因是台南歸仁路段，電車線懸臂斷裂、絕緣礙子受損，所以台中站以南的班次2月6日全面停止行駛，遇估影響數萬名旅客。6日下午4點2分根據高鐵最新消息，已搶通台中站─嘉義站，每小時加開北上、南下各2班車。至於7日是否營運，將在晚間9點對外宣布。
台鐵則是在4時30分成立緊急應變小組，初步檢查後除沙崙支線長榮大學站、沙崙站水管破裂及永康站內照明設備停電外，台鐵目前全線行車正常。台鐵應變措施為北上與南下的列車全面增停新左營、台南、嘉義、田中及新烏日站，並動用預備編組於8點30分台中高雄間上下行各加開一列自強號因應。6日下午4點台鐵最新消息，加開推拉式自強號、500型區間車、700型區間車，於新烏日-高雄間對開行駛，下午5點，加開台北-潮州普悠瑪新自強號。
而全國客運公會已經協調業者發車，包括國光、統聯、阿囉哈、和欣、日統等都將調度空遊覽車支援，此外由於高鐵只行駛到台中，客運公會理事長表示，目前台中客運、統聯客運正商議協調，是否有客運直接從高鐵台中站發車南下來疏運春節返鄉旅客，國道部分則一切正常。
中部以南高鐵停駛，許多民眾無法如期順利返鄉，Uber宣布2月6日至晚間10點為止，在台中高鐵站搭車前往台中以南區域，兩人以上共乘並使用車資分享功能，輸入序號「HOME2016」，可折抵50%車資。
桃園機場則在地震後立即派員巡查航廈及跑道設施，全場巡檢後，營運一切正常，出國不受影響。2月6日小年夜這天加班機共108架次，預估旅客量為133,762人次，總航機架次787架，尖峰時段第二航廈出境上午8至9時旅客量每小時4,610人，全日出境旅客共計66,118人。
另外稍早華航集團宣布，2月6日至2月28日期間，凡持中華航空與華信航空往返台北、台中、台南、高雄國際航線機票的旅客，如因地震影響需更改訂位或退票者，免收手續費。V Air威航指出，2月6日8點前完成訂位購票手續，且搭乘日期在2月間的旅客，因地震影響須提供受災戶相關文件證明或因地面交通影響導致無法順利搭機證明，可免除票務變更手續費1次。台灣虎航宣布，2月6日至2月28日間，凡持台灣虎航(IT開頭航班)往返桃園-高雄國際航線機票的旅客，如受地震影響，需更改搭乘日期，可免收手續費1次，但仍需支付票價差；受災情影響欲取消行程，可檢附相關證明，全額退費。
18:29更新
台灣高鐵受美濃地震影響，經過高鐵一整天巡軌檢整，比甲仙地震損害嚴重，高鐵統計至少有28處電線桿嚴重受損，因此宣布明天中午12點前，維持今天的營運模式，取消台北到台中區間的直達車，其他車次正常，台中站至嘉義站區間，維持一小時2班全車自由座（商務車廂除外）。至於明天中午12點過後，台中以南區段是否恢復正常，要等到早上6點半才會宣布。
19:57更新
針對明天除夕的返鄉交通，台鐵再提對策中午12點之前增停「新烏日、彰化、嘉義、台南、新左營、高雄」等車站。上午7點50分也會加開「半直達」普悠瑪，從潮州到台北，全車自由座，也會增加區間車，在新烏日到高鐵間對開行駛，配合高鐵，新烏日從早上7點50分開始也會增開南下列車。
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