外界指責特偵組違法監聽偵辦關說案，對此檢察總長黃世銘昨天大動作開記者強調，監聽過程合法，法界人士也指出監聽過程如果發現對象另外涉及不法，檢察官有權偵辦，除非另外「擴線」新增監聽對象才要再跟法官聲請監聽票，而退休的法務部次長李進勇，以及台灣國策智庫指出，檢察總長黃世銘竟然約談特偵組約談檢察官後馬上向總統馬英九報告，涉嫌洩密，因此向檢方告發。
神隱3天，檢察總長黃世銘親上火線，高舉柯建銘的監聽票，駁斥外界指責特偵組違法監聽關說案。檢察總長黃世銘(2013.9.9)：「我們只對柯委員的監聽，一個人監聽，沒有對國會議長的監聽，這個是從嚴謹性來講。」
特偵組原本追查柯建銘和法官陳榮和的貪污案，「關說案」意外浮出檯面，引發紛爭，法院指出，檢方監聽，就算案由和內容不同，但掛線的對象有其他違法的事，檢察官不能放任不管，除非要增加監聽對象，才必須另外跟法官聲請監聽票掛線，特偵組只有掛線柯建銘，並不違法。
只是102年開始上線，6月29日發現關說案，7月8日柯建銘上訴期限已過，無罪定讞，為何貪污案查不到東西，特偵組沒有下線，也不提醒高檢上訴時間快到了，引發陰謀論，檢察總長還把調查中的案件跟總統馬英九報告，前法務部次長李進勇看不下去，向特偵組告發黃世銘洩密。前法務部次長李進勇(2013.9.9)：「你是項莊舞劍，你是意在沛公，你是用A案要來取他案。」
就在8月31日，因為大雨，基隆發生巨石掉落砸車，土石坍方屋倒意外，南部也有台鐵自強號列車撞擊土石出軌，造成12人輕重傷，南北相關單位忙著善後處理，這天晚上，林秀濤和同事先後到特偵組接受偵訊，晚間11點，黃世銘就拿著筆錄跑到總統官邸報告關說案，動作之快，史無前例。
6年前，特偵組揭牌，特偵一班檢察官排排站，前總長陳聰明只督導，不事事過問，有檢察官抱怨黃世銘幾乎事必躬親，也難怪有立委說該廢掉特偵組，黃世銘這回評價有褒有貶。
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