總統大選揭曉，藍軍還是落敗了。歷經國親整合，以在野黨身份拼了四年，仍舊拿不回政權。學者認為，國親整合，這次沒有達到一加一的效果之外，在選前處理正副總統遭槍擊的態度，也出現爭議，成了左右選局最關鍵的因素。
藍軍輸了，學者認為，選舉前的槍響左右了選局。東吳大學副教授盛治仁：「連宋這次落選，大概最大影響還是在選前一天的槍擊案，他讓整個綠營的選票繃到最高點，而且我們的判斷，大概也吸引到同情選票，對於政治意識比較低的同情選票，轉移到阿扁身上，所以我們從民調的變化裡面，可以看出來說，之前是連宋比較暫領先，可是在槍擊案之後，選前一晚變的非常非常接近，其實228、313、公投，都變的非常邊緣化，我想這一槍恐怕還是決定2004總統大選最主要的關鍵。」
在槍擊案發生前331動員後，原本盛治仁評估，連宋應該領先10個百分點左右，但槍擊案後，扭轉了結果。而藍軍由立委陳文茜召開記者會，質疑槍擊案有陰謀論，對選局究竟是正分還是負分？看法不一。
東吳大學副教授盛治仁：「我相信說他們應該也是看到當天晚上的民調反應，發現說如果讓全國都瀰漫在祈福的情緒下，這對選情是一個很大的傷害，所以他們必須要提出一些可能的懷疑，可能是在兩害相全取其輕。」
資深媒體人陳立宏：「她(陳文茜)在最後一刻的記者會，她當然有很強烈的心，想要幫連宋，但是我覺得愛之，或許適足以害之，就像她過去的幾次出手一樣，沒有幫藍軍賺到，反而讓藍軍在支持度上，有所下滑。」
國親藍天再現的夢碎了，經歷了全力操盤動員全部付諸流水，政治學者分析，藍軍整合沒辦法拿到基本票的原因，在於不明來歷的幾聲槍響。
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