教育部長黃榮村確定去職，接掌教育部2年2個月，正好是九年一貫新課程全面施行的重要階段，面對協同教學以及多元入學制度的紛擾，基層教師還破天荒走上街頭，讓黃榮村相當難堪。不過根據了解，遭到撤換最主要的原因，是行政院認為黃榮村在處理靜坐學生抗議事件不夠明快，才是關鍵。
中研院院長李遠哲：「我覺得黃部長做了一陣子，已經能夠掌握很多關鍵問題，我並不覺得現在需要很快地把他換掉。」
最後一刻，中研院長李遠哲還是力挺黃榮村，但行政院堅持換人。根據了解，撤換的導火線可能就是4月5日這一天。
身為教育界的大家長，無法及時處理學生的抗議事件，接掌教育部2年又2個月，還踩爆不少地雷。為了九年一貫協同教學以及工會問題，上萬名國中小學教師走上街頭，為了能力分班問題，還有老師替學生下跪。吳麗慧彰化國中老師(2003.9.12)：「我覺得不公平，為什麼要分A段班B段班。」
魄力不足，無法實際了解基層老師的心聲，教師會教師會還批評，黃榮村和其他幾任部長一樣，把高等教育永遠擺在第一位，這也是黃榮村下台的主因。教育部長黃榮村(2002.7.13)：「我本來就說，漢語拼音不是用來學英語的，這種笨蛋問題我不回答。」
接任不到半年，黃榮村常常為自己說的話道歉，從大學教授到行政首長，可以看到黃榮村的身段越來越柔軟，10年教改盤根錯節，鑽研心理學的黃榮村，也無法順利解開教改的紛紛擾擾。
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