針對真調會條例是否違憲，大法官會議做出釋憲，認定真調會屬於「部份違憲」，得知消息後，各界反應不一，真調會認為職權大幅縮水，真相難明，而行政院感謝大法官的努力，要求真調會在修法之前停止運作，泛藍則是大聲抱怨，認為大法官宣判不公。
歷經3次憲法法庭辯論，大法官近2個月、超過20次會議，真調會釋憲結果終於公佈，大法官認為第8條以及第13條條文有瑕疵，明顯違憲。
真調會違憲的部份，包括可自行調用檢察官、但不得逕行起訴，真調會必須受國家機密保護法、刑事訴訟法以及營業祕密法等法律限制，而拒絕真調會調查之人員，就算要處罰，也必須由司法機關追訴，而不是真調會，也就是說，真調會少掉了這些權力，職權將大幅縮水。
真調會發起人施啟揚：「我看剛才法官解釋把真調會變成立法院附屬的調查單位，我們還不是獨立行使單位，根本調查功能喪失一大部分，真相更難發現。」
司法院秘書長范光群：「同時行使立法權、行政權、司法權及監察權的綜合機關，也不是，他是屬於立法權的調查權的之下的特別委員會。」
真調會自認虎牙被拔光，成了四不像，當然氣，看在行政院眼裡，角度相反。行政院發言人陳其邁：「違憲任命之真調會的委員應立即停止任何的運作。」
行政院政務委員許志雄：「表面上沒有說他全部違憲，實質上他的意旨已經是接近全部違憲。」
本來就反真調會，政院的樂觀其成，看在主打「真相不明」的泛藍眼中，自然氣得咬牙切齒。國民黨團書記長黃德福：「台灣的民主法治最黑暗的一頁，我想我們必須要表達嚴正的立場，我們也必須要表達深沈的遺憾。」
真調條例才通過三讀沒多久，就創下了釋憲聲請的最快紀錄，現在職權大幅縮水，真調會下一步要怎麼走？外界期待。
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