教宗辭世，總統府除了降半旗，陳總統下午特地前往教廷大使館致哀，推崇教宗畢生推行和平、真理的信念，陳總統也藉此比喻兩岸關係，他認為唯有揚棄非和平手段解決紛爭，兩岸以及人類，才有安定的生活。
深深的三鞠躬，陳總統到教廷大使館，向教宗若望保祿二世致意，還特地停下腳步，和大使館人員交換意見.而呂副總統，行政院長謝長廷，佛教界的聖嚴法師，也都到場表達哀思。
而總統府和行政院都降半旗，向教宗，表達最深的哀悼。總統陳水扁：「作為梵地岡最忠誠的外交夥伴，阿扁謹代表中華民國政府，與兩千三百萬台灣人民，向教廷表達最深沉的哀悼之意。」
除了邦誼關係，總統夫人吳淑珍跟教宗的一段會晤，也讓陳總統對這位領袖，有另外一份感情。總統陳水扁：「阿珍看著電視新聞，回顧教宗過往的歷史，還特別懷念起她和教宗握手的那一刻，她還感慨的說，如果是人都像教宗一樣，心懷寬容與和善，這個世界就不會有暴力。」
話鋒一轉，陳總統講到兩岸關係。總統陳水扁：「揚棄以非和平手段解決國際紛爭，我們後代子孫才能真正擁有平和安定的生活。」
追悼教宗，陳總統也將派遣特使團，只是人選還沒決定。
考量到不要讓中國大陸有任何打壓我與梵蒂岡幫誼的空間，特使團層級高低，府方還得仔細思量。
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