針對副總統請辭民進黨代理黨主席一事，陳總統晚間發表聲明，詳述他和副總統這段時間的互動，總統強調，他不希望外界把代理黨主席的推舉，解讀或認定為總統意志的延伸，而副總統一番「代管民進黨」的說法也非事實。
連續兩天晚上，副總統和陳總統先後發聲明，先是副總統說她當代理黨主席是「臨危受命」，而且原本不去參加中常會，是「總統明示她才出席」。陳總統的聲明則說，副總統是法定中常委，黨內士氣低迷，應該以實際行動表達對黨的支持與關心，兩人對所謂的明示有些許落差。
而副總統又說，她是接獲陳總統手諭：說要她「自行負責，毋庸報告」，才會忍辱負重，面對黨內同志中傷，皆隱忍未發 不過總統補充說，當時是因為呂副總統書面報告，她獲推舉代理主席，因為沒有接獲回覆，以為總統反對，打算隔天請辭，所以總統才批示：「此事，本人事先並不知情，無從表示意見，副總統既作決定，自行負責。毋庸報告。」
所以當12日中午，呂副總統將代理黨主席的辭呈影本呈送總統時。總統就批示，對黨部各項人事，他關心但不介入，所以退還辭呈影本。
副總統的聲明中又說，她是根據黨章規定才會說出代管民進黨的話，不過陳總統在聲明中明確表示，最近有關黨主席代理或競爭的發展，動輒牽扯總統，有說是他授意，也有說是幫他看守，這都不是事實。
總統說，他非常不希望代理黨主席的推舉被解讀或認定是總統意志的延伸，像是游錫堃向他報告中常委拉票的事，他也秉持一樣的態度，因為是對事不是對人，並非總統和副總統出了什麼問題。
針對副總統的四點聲明，陳總統同樣以聲明，有補充、有駁斥，一點一點詳細說明原委，在代理黨主席風波中，從沒有表態的陳總統，一出手就是重招。
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