陳總統長達四十分鐘的文告，全場聆聽的國民黨主席馬英九動了火氣，大罵陳總統只會拼政治，不會拼經濟，還亂扣在野黨主張統一的大帽子，至於這篇文告，在民進黨評價也很兩極，新潮流就批評這只是一篇很好的作文，重點在鞏固領導，宣示陳總統沒有跛腳。
整場元旦文告，馬英九以黨主席身分受邀聆聽。邊聽還邊作筆記，重要地方還折頁摘要，聽到陳總統不敢公開點名那位黨主席，強調過兩岸統一是終極目標，相當憤怒。
國民黨主席馬英九：「我也覺得很奇怪，我到現場先看到書面文告，上面寫得是國民黨主席馬英九，就在第八頁，可是他在口頭報告的時候，是說某黨主席，奇怪，為什麼不敢公開。」
馬英九會這麼動怒，還有一個原因，是質疑陳總統故意找碴。國民黨主席馬英九：「我這個說法和陳總統的看法，一點點都沒有違背，陳總統在二千年就職演說中，宣布了四不一沒有，這時候我們主張統一，有什麼不對嗎，我覺得他還是習慣性，扣人家的帽子。」
馬主席怒火重批，民進黨炮火最猛的新潮流，也批判長達40分鐘的文告，只是一篇華麗的作文。
立委李文忠：「我覺得跟過去一樣，讓人覺得是一篇很好的作文，但是人民要的不是一篇好的作文。」
立委林濁水：「基本上，他整個重點是要鞏固內部領導，沒有處在跛腳的狀態。」
陳總統自稱比兩次就職演說更重要的文告，結果並沒有獲得預期效果 。
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