大陸偷渡女子溺斃事件，已演變成兩岸的政治角力，政府這次全面動員，希望事件能讓冰封多年的兩岸兩會重啟協商，不過海協會完全無視海基會存在的事實，另找台灣民間團體聯繫，讓陸委會暗指，海基會連傳真機的功能都無法發揮。
大陸海協會擺明對海基會的發函不回應，轉而請台灣民間單位協助了解偷渡溺斃事件，令陸委會痛批大陸漠視海基會功能。陸委會副主委陳明通說，大陸方會，造成海基海協只剩傳真機往來，過去雖然沒有會談，但傳真機是開的。陸委會副主委陳明通：「大陸方面刻意杯葛，造成海基海協，只剩傳真機往來，過去雖然沒有會談，但傳真機是開的。」
不過以這次偷渡事件來說，海基會的傳真機沒響，響的是「海峽兩岸人民服務中心」與「海峽兩岸聯合經貿協會」，後者由立委何智輝主導，隨著立院休會，鐵門就這麼拉下，而前者的負責人曹原彰具立委身分，也能取得官方資料，滿足海協會的求助，至今運作4年，處理過700多件兩岸人民事務，幾乎被稱為地下海基會。
立委(親)曹源彰：「包括警政署，包括海巡署，我在取得資料都很順利，所以不用直接跟海基會要資料，不必，我倒反而覺得陸委會很小氣，有時候想問他一些事，他會覺得你是在幫大陸政府做事，其實我們萬萬不敢取代海基會。」
海協會看準了找立委成立的民間單位，一樣可以辦事，讓陸委會沒輒。陸委會副主委陳明通：「立法委員是民意代表，是監督行政部門的，我們彼此要互相尊重。」
雖然這樣的運作有一段時日了，但這次大陸海協會對台灣海基會的兩度發函不理不踩，還痛批陳總統的論調荒唐，陸委會因此發出新聞稿，指大陸方面沒有檢討內部社會現象，還恣意批評我方元首，是推卸責任的行為，尤其強調陸委會授權海基會全權處理，期望海協會也能與海基會直接聯繫，數度出現「直接」的字眼，顯然陸委會還是覺得有必要為海基會驗明正身。
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