民進黨立委持續以施明德當年受刑期間，寫下的自白書和信函，質疑施明德的立場。其實3年前檔案局就已經公佈部分政治犯受刑人的自白書，當時因為大剌剌展示呂副總統寫下「台獨違法」的自白書，引起宣然大波。獨派大老彭明敏其實也同樣在非自主意志的情況下，被迫寫下類似的求饒自白。
美麗島事件，當年的呂秀蓮，面對嚴峻的軍法大審判，從容無畏，在庭上還仰著45度角。這剛烈的形象，卻和她在偵訊期間寫下的自白書，有極大衝突。
文中最引起關注的就是這一段「國家培育我多年，雖然我明知台獨活動是違法，然而我在海外參加台獨活動，回國後又從事台獨活動，於今思之，甚感懊悔。」，最後還寫到，「深覺慚愧不安，至盼政府體諒愚情。」
這份自白書，就在3年前公開曝光，當時呂副總統就隔著一道玻璃，眼看它攤開展示，抑制翻攪的情緒。副總統呂秀蓮(92.03.03)：「不斷疲勞拷問，最後幾乎是照著他唸的寫，如果蔣經國也落在他們手裡，我想所有的自白也會，跟我們寫的一樣。」
副總統說，這些自白書，是有人寫好叫他們簽名的他白書，在當時的精神和肉體凌虐下，不得不簽，同樣被公開展示自白書，還有施明德，他還赫然發現，研究史料的學者，竟然在他的檔案，眉批「獄方對施明德，簡直是伺候老祖宗也不過如此」。民進黨前主席施明德(92.09.24)：「狂妄惡劣到這種地步，這還是一個學者嗎？」
同樣也是政治犯的獨派大老彭明敏，當年偵訊時，寫下「深知愧悔，請求特赦」的自白書，如今也公諸於世。這些自白書，給世人的啟發，不該是浮面的被迫求饒，而是裡面透出的威權壓迫。
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