針對北北基，有意從民國100年起自辦基測，教育部先行出招，在新修訂的高級中學法草案裡，將招生入學以及學區劃分的權限，通通收回中央，對此台北市教育局不滿的表示，由地方來負擔經費，卻由中央主導大權，這種作法就好像不負擔小孩的教養責任，卻又想當孩子的爹。
北北基自辦基測還沒上路，教育部先出招，要把入學方案的權限收回中央。北市教育局長吳清基：「教育把這個權利收回去，全部由中央立法管理，教部作法是中央集權在開倒車。」
在教育部新修訂的高級中學法裡，原本高中職多元入學辦法，是交由地方教育主管機關負責，現在包括入學、招生還有學區劃分，教育部通通攬在手上。吳清基：「教育部不負擔人事會計經費，整個學校設立也不必負責，但是現在又管人家教育怎麼辦，管人家的招生、管課程，我認為不合適，權責不相稱。」
北市教育局批評，部裡的做法就好像生了個孩子，不負擔教養卻又想當孩子的爸，為了防堵北北基自辦基測而修法，局長建議，乾脆把所有的市立學校通通改成國立。
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