內湖線通車屆滿1個星期，出包也超過7次，捷運公司每次的回答都是訊號異常。原來是內湖線採取的機電系統來自加拿大，跟原先木柵線最大的不同，是要靠無線電傳輸，因為得靠行控中心來抓列車的位置，所以比較容易受到干擾。其實把內湖線和木柵線兩種系統整合，算是世界首例，只不過有人卻忍不住反問，是否硬把13年的木柵線和內湖線送做堆，老少配才會問題不斷？
TVBS記者張靖玲：「7月4日通車以來，列車就改由內湖機廠的行控中心來調度，屢屢出包，也指向行控中心根本收不到列車訊號。」
通車第2天上午，港墘站收到軌道出現障礙物警訊，全線停駛7分鐘；第一個上班日，劍南路以南到動物園間停駛10分鐘；9日晚上，大直往南列車停駛13分鐘，都跟異常訊號有關。車門打不開，甚至倒退嚕，不勝枚舉。北捷機電工程處長蔡天和：「無線電傳輸系統，車站軌道跟行控中心，要做密切訊號的傳輸跟確認，簡單地說它會比較敏感。」
就因為這樣，內湖線採用的龐巴迪機電系統，比較容易受到干擾，因為列車維持20公尺的間距，要靠行控中心來控制，所以時時刻刻透過訊號傳輸；但是原先木柵線採取的馬特拉系統，是屬於所謂的固定閉塞區間，只要有列車在，另外一輛車子就不會進來。記者：「全世界是第一個把兩個系統合起來？」蔡天和：「對，是世界的創舉。」
坦承因為要把舊系統打掉，重新換一個，牽涉到成本。通車13年的木柵線，遇上新建的內湖線，宛如對老少配，磨合期免不了，就怕民眾的耐心磨光之前，還等不到兩者水乳交融。
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