對於吳淑珍出庭認罪道歉，人在看守所的陳水扁，透過扁辦表示持保留態度，陳水扁說，當初如果知道吳淑珍有收錢，絕對不會允許她匯往海外，而他從政多年，對於該負的責任不會逃避，但是沒做的事也不能要他認罪。
這次出庭，吳淑珍當庭間接或直接認罪，最終面臨無期徒刑的刑責，羈押在看守所的陳前總統相當掛念，但對於認罪持保留態度。扁辦人員劉導：「談夫人認罪的部分，其實總統講的很簡短，只是說我持保留態度，其它沒多說什麼。」
由於陳前總統過去一向相信吳淑珍的說法，認為海外帳戶的錢都是政治獻金和選舉結餘款，不過吳淑珍坦承在南港案收賄220萬美金，間接承認洗錢到海外，對於這樣的供詞，可能對陳前總統的官司不利，陳前總統並不擔心。
劉導：「在整個案情被揭露之前，他完全不知道有任何金錢的事情，這個部分他也有提到，在相關人的筆錄裡都可以證明這點。」
北所表示，陳前總統的確透過數位電視關心吳淑珍的開庭狀況，心情還算平靜，雖然陳前總統的委任律師鄭文龍說，夫人部分認罪在預期當中，不過扁的律師團和莊柏林也曾透露，一審法官蔡守訓心證已定，因此研判扁家四大案將決戰在二審法院。
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