2005年9月，聖嚴法師因為腎臟病和貧血住進台大，當時他就計畫找尋接班人，接著在2006年年初他又因為心臟病而動刀，礙於身體狀況，同一年9月，就在3000名俗僧觀禮下退位，交棒給第二代方丈果東法師，接下來的方丈更是確定由民主方式產生，只不過，聖嚴法師精神領袖的地位，恐怕任何一位接班人都無法取代。
掛上108粒念珠後，正式交接完三項信物，早在2006年，聖嚴法師就已經宣佈退位，交班給第二代方丈果東法師。果東法師(95.9.2)：「奉師父和法鼓山僧團大會授命，接任法鼓山第二任方丈。」
包括現在的副總統蕭萬長，總共3000名俗僧觀禮，儀式莊嚴隆重，但聖嚴法師還不忘說笑，面對生老病死，同樣輕鬆，2004年就已經預立遺言，但卻是因為2005年因為腎臟病入院，他才決定找尋接班人。
當時51歲(1955年生)的果東法師，1993年剃度，中年出家，曾擔任法鼓山僧團男眾部副監督，助念團輔導法師，是經由僧團代表推出的5人裡，經過聖嚴圈選。聖嚴法師(95.9.2)：「有的人認為，希望有第二任方丈像聖嚴這樣子一個人，聖嚴是創辦人，聖嚴不是第二任方丈，所以是不容易要求的。」
坦言接班人不可能像自己一樣，創辦人永遠只有一位，從此方丈由民主方式選出，任期3年，更像是組織領導人，可以想見，聖嚴在所有信眾心中的地位，即使早已交棒，卻無法取代。
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