這起大地震，造成南台灣部分學校校內嚴重受損！玉井國中校舍柱子，瓷磚掉落、整個鋼筋裸露；六龜國中的學生，嚇得只敢在操場空地上課；實踐大學內門校區，學生宿舍天花板也掉下來，甚至還有學校實驗室的化學藥劑也掉滿地。
早上8點18分，2名老師才剛走進教室沒多久，玉井國中校舍就開始搖晃起來，旁邊的瓷磚就是小瀑布一樣，不斷往下掉，再換個角度，來到學校中庭，5支柱子就像是小火山噴發，瓷磚全往外噴，還好沒砸傷正要經過的老師。學生：「大家都哭了，我嚇得腳一直發抖。」
地震同時，內門鄉的實踐大學上課的學生，也全從教室裡頭逃出，就連在空曠的機車停車場，也像骨牌一樣，一瞬間全倒，有女學生嚇得軟腿，癱坐在地上，而校園裡頭的水管被地震震破，就連教室也淹水。
美濃的龍肚國中也災情慘重，這頭教室裡頭櫃子倒成一排，就連桌上電腦也全倒，不過讓人擔心的是這間實驗室，裡頭化學藥品灑滿地，強酸加強鹼，散發氣味，讓老師緊急穿起防護衣處理現場。龍肚國中總務主任林春貴：「有聞到一點味道，我們就上來，因為我們實驗室有存放藥品。」
遇強震襲擊的校園，有的學生不敢再進教室上課，六龜國中全體師生，就把操場當教室，直接坐在地上上課，看來南台灣百年強震，把學校學生震得驚嚇連連。
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