台大醫院誤植愛滋器官，整個事件發生後1個月，衛生署公布調查報告並做出懲處，除了認定台大醫院有行政管理、移植作業溝通流程等2大疏失，台大罰50萬元，台大前器官捐贈小組負責人柯文遭哲移送懲戒委員會，最重恐被廢止醫師證書，對此柯文哲直言衛生署推責，大家都怕下台，他就成為大家的台階。
台大創傷部主任柯文哲：「遇到了再想 這...唉...。」
嘆氣再嘆氣，面臨可能遭到廢止醫師證書，台大前器官均贈小組負責人柯文哲語氣充滿無奈，台大誤植愛滋器官調查報告出爐，柯文哲成為唯一負責醫師。台大創傷部主任柯文哲：「我太太就哭哭啼啼的說，你到底犯什麼罪，被人家撤照，我說你知道我沒罪就好了，她說你被關進去以後，誰知道你有罪沒罪，既然衛生署這樣講，醫檢師跟協調師都沒事了嘛，那就好了，剩下我自己處理。」
表明一肩扛起，不過衛生署的調查報告，也被民間團體批柿子挑軟的吃，柯文哲話鋒一轉，也忍不住開砲。台大創傷部主任柯文哲：「過去1個月衛生署做了什麼，登錄中心做了什麼，不敢改，一改了就證明以前是錯的，他怎麼可能改，衛生署推給教育部，教育部推給，我跟你講，大家都在找台階下，我就是大家的台階。」
柯文哲說自己已經有坐牢準備，甚至不排除去選立委，柯文哲移送交醫師懲戒委員會後，北市衛生局依據醫師法開鍘，可處以停業1個月到1年處分，或者廢止職業執照、甚至醫師證書。台北市衛生局長林奇宏：「1周內應該會召開。」
不過台大器捐流程並沒有明確訂定召集人權責，責任歸屬恐有待釐清，柯文哲的去留，就看懲戒委員會的認定。
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