台南市長賴清德登陸之旅第二天，造訪上海復旦大學與大陸學者進行交流，原本並未觸及台獨議題的賴清德，在大陸學者的提問下，說明了台獨黨綱的情況，他也希望兩岸能以合作取代對抗。
台南市長賴清德與上海復旦大學校長楊玉良輕鬆交換禮物，隨即雙方進行座談。
台南市長賴清德：「兩岸用合作取代對抗，用交流取代圍堵，大家彼此尊重自信的交往，我覺得兩岸關係的和緩，穩健的進步自然會水到渠成。」
對於綠營地方首長來訪，復旦大學研究涉台問題的學者姜義華也提及「民進黨因為有台獨黨綱，導致無法順利推動兩岸關係」，對此賴清德當場做出回應。
台南市長賴清德：「台獨是民進黨的主張，可是在程序上完全尊重台灣人民的決定。」
賴清德解釋民進黨與台獨黨綱的歷史背景，而兩天的大陸參訪結束，週六晚間一抵達台灣也再度強調兩岸需要透過相互理解，進行交流。
台南市長賴清德：「大家理性的交流，然後讓台灣社會多元的聲音可以聽得到，我主要是回應一位教授的這個發問的，處理了台獨黨綱，並沒有辦法解決台灣獨立的主張，台灣社會台灣獨立的主張，所以應該是要去看待，理性的去看待，民進黨的這個主張。」
作為最後一個拜訪大陸的綠營縣市首長，賴清德在大陸兩天行程受到極大關注，對於此行的收穫，賴清德說兩岸應該求同存異往前看，才是兩岸交流的最終目標。
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