行政院遭到學生突襲闖入，雖然院長辦公室沒有遭到破壞，不過包括了公共交際科、政務委員辦公室、電機室等都慘遭入侵，木門、玻璃、鐵櫃、影印機甚至天花板，到處都有毀損的痕跡，而闖入的學生們還搜括冰箱名產、礦泉水、蛋糕都被吃掉，甚至有員工私人財物遭竊，不少辦公室宛如廢墟般，損失目前還難以估計，然而行政院屬於古蹟，後續要怎麼修復，是大問題。
碎玻璃散滿地，走進裡頭，鐵架倒、卷軸散落一地，文件、書籍、報紙完全不在原來的位置，鐵櫃也被破壞，頗具重量的影印機，不但毀損，有的還直接四腳朝天。記者陳乃瑜：「這裡面的書架，已經整個都倒了，現場還有佈滿碎玻璃，其實門也全都破損。」
行政院內公共交際科，是遭到學生突襲最嚴重的地方，放眼望去殘破不堪，木門更是在猛烈撞擊下斷裂。記者：「他們從這邊攻進來。」行政院人員：「對對。」
行政院內學生走過地方，宛如廢墟般，就連電機室內電機系統也被撬開，設備明顯看到一個又一個凹痕，明顯遭到敲擊，電燈、備配零散在地面上。行政院政務委員簡太郎：「沙發被搬走也不知道搬到哪裡。」
另外一位政務委員簡太郎辦公室，也是直接被破窗闖入，連冰箱也被搜括。行政院副秘書長蕭家淇：「太陽餅、礦泉水被喝，還偷我們零錢。」
行政院員工上班，看到這些景象，完全傻眼，不只凌亂不堪，還有棉被出現，甚至有員工清查後，發現私人財務損失，而最讓行政院傷腦筋的是行政院民國29年完工，是屬於二物大戰前建物，國定古蹟後續修復是大問題。
行政院發言人孫立群：「古蹟維護是比較複雜的喔，不是說要維護，就可以維護，還是有一定的程序要走。」
損失難估算，政院的禮堂也被破壞，裡頭有總統馬英九肖像不翼而飛，有可能被偷走，遭到幾小時的入侵，行政院許多地方無一完好，清潔人員能清理的先清理，鑑識人員在殘骸中蒐證，氣氛依舊緊張，員工上班就算出示証證也無法順利進入，層層警力不鬆懈。
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