國道進入計程收費，還不到1個月，扣款爭議和亂象不斷，原本遠通表示，車輛在國道上故障拋錨，需要拖吊處理時，會自動剔除後方計費，但實際上，有民眾因為車子沒油，請來拖救車幫忙拖下國道，途中經過一個感應門架，卻還是被扣款，事實上，遠通在全台有三個異常交易處理中心，140位工作人員，針對特殊車牌，做人工複核、判讀，平均一天要看10萬筆，但技術和設備，卻不能做到百分之百不出錯，對於用路人來說，被多扣款得自己「主動」發覺，無法接受。
車子拖吊上國道，感應門架連剝兩層皮，依照規定通行費只算拖車，不管是兩輪落地，還是整台上拖車，只要是沒動力就不扣款，但實際狀況卻不一定這樣。
投訴人游先生：「我車這樣被拖拖拖，拖到國道三號北上62公里，在這邊下交流道，就剛好在ETC這邊被扣款。」
游先生12日下午，行駛到國道三號北上66.3公里處時，車子沒油動不了，請拖救車幫忙下國道，途中經過一個感應門架，事後查通行費，被拖吊的車子，竟然也被扣了一筆，從龍潭到大溪要6.6元。
游先生：「我剛好有上網去查，我不是那麼有時間的人，不可能每一筆每一筆都去查，我是覺得遠通這樣做，我沒辦法接受。」
正常狀況，車輛經過門架，感應天線會偵測車輛判讀車牌，只收拖吊車的錢，但系統偵測太「靈敏」，連後頭的轎車也偵測，一箭雙鵰。
工作人員：「像是這個就是車牌有一些折損。」
看照片辨識車牌，全台有三個異常交易處理中心，做的是「人工判讀」，比對車牌再做交易篩選，全台140人平均每天要看10萬筆，國道計程收費，通行費會在後三天才扣款，中間作業時間，就是進入人工辨識系統卻無法百分百抓出「異常扣款」。
網友質疑，距離和牌價對不上，國道一號楠梓北上到仁德，按照通行門架里程來算，應該是32.04元，但遠通算出來卻是33.3元，讓人一頭霧水，遠通解釋里程計算，是以交流道之間的距離，實際上並不會有多扣款的問題，但一再出包，也讓用路人失去信心。
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