在立法院的運作當中，有一道備受詬病的程序叫做「朝野協商」，就是每當法案二讀前，院長邀集各黨團黨鞭，在一起秘密協商法案內容，這樣做的好處，是可以簡化流程，不用每個案子在院會上逐條討論、曠日廢時，但缺點卻是，這是一種密室政治，有可能造成利益交換、私下分贓的弊病。
TVBS資深記者蔡祐吉：「這裡是立法院的大議場，原本依照憲法規定的精神，所有的法案，都必須在這個議場裡，充分討論跟辯論，再經過一讀會二讀會與三讀會，透過多數決的方式，完成立法程序，這是理想狀況，但現實上沒有透過朝野協商，而完成立法的方式，卻很少見」
儘管所有的法案要過關，還是得在議場裡三讀，但事實上，所有法案在從委員會，送進二讀會前，一直有一道關鍵的程序，過程完全不公開。
TVBS資深記者蔡祐吉：「這裡是立法院議場後方，這扇門的背後，是一個一般人，無法觸及的世界，立法院長經常在這裡召集朝野黨團的黨鞭，進行協商，這個協商過程，沒有媒體，也不能旁聽，除了幾位當事人，誰也不知道大家在裡面談了些什麼，交換了些什麼，也因此政治分贓利益分配，就是這樣傳出來的。」
各民主國家的議會，都有朝野協商的制度，在台灣也行之有年，甚至在民國88年之前，只要幾位黨鞭同意，就可以無限期阻擋法案，88年1月，立法院通過立委職權行使法，正式將朝野協商制度法制化，明訂只要有3個委員，就可以組成一個黨團，推派代表參與協商，也因此出現只有3席立委的親民黨團，跟擁有64席立委的國民黨團，可以平起平坐的現象。
TVBS資深記者蔡祐吉：「立法院的院長會客室，也經常作為朝野協商的場地，朝野協商的優點是，避免人多口雜，處理法案比較有效率，但缺點就是，容易出現各自喊價，利益分贓的狀況。」
今年6月的會計法修正風波，就是最典型的例子，當時立法院漏夜突襲，通過的修正案，讓特別費除罪範圍擴及民意代表，被認為是幫涉案立委顏清標量身打造除罪，卻因疏忽而漏掉原本納入範圍的大學教授，逼得馬總統出面道歉，行政院提出覆議，讓法案回到原點，卻也種下馬英九不滿王金平的又一個例子。
就是類似這樣，為特定人士的利益立法修法，卻又不受外界監督的狀況，讓朝野協商制度備受詬病，也讓原本應該扮演學者專家諮詢功能的各政黨不分區立委，完全沒有發揮餘地，從政治實務上而言，如果沒有朝野協商，一切回到二讀會，每個法案都由113席立委攻防，並不切實際。
但若維持朝野協商制度，最需要防止的則是密室政治，分配私利的弊病，這時候的關鍵，就在於主持協商的立法院長或副院長，夠不夠中立，以及能不能夠拒絕各黨為了自身利益綁架法案的狀況出現，難度其實相當高。
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