新聞自由與檢調偵查，究竟如何取的平衡？中時晚報及壹週刊，都曾遭檢調搜索，引起輿論譁然，而台灣新聞自由指數，全球排名51，兩岸三地比香港低，但是比大陸高，對於記者不說消息來源遭罰，台灣新聞記者協會表示，新聞自由不應被打壓，政府應該立法修補。
2000年4月9日，國安局上校，前出納組長劉冠軍涉嫌貪瀆案，中晚披露筆錄內容，檢調人員認為干擾辦案，也有洩密之嫌，大舉搜索中晚，引發報社員工走上街頭抗議。
2002年3月20日，壹週刊也因為披露劉冠軍聲稱的，國安局有高達36億新台幣的秘密經費，是前總統李登輝授意留存，遭到搜索，週刊發言人反駁，這是揭弊，不是洩密。
記者是否享有拒絕證言權，在台灣現行法律沒有明定的情況下，憲法第11條雖然保障新聞自由，刑事訴訟法在身份與業務關係�，也明定，只有醫師律師等專業人士，列為拒絕證人的範圍內，但記者並沒有在此列，有人認為這是第四權萎縮，應該立法補救。
台灣新聞記者協會沈素如：「國內的像是刑事訴訟法，目前還沒有非常完善的部分，所以我們也是呼籲我們的法界，能夠儘速來讓我們的刑事訴訟法，能夠把記者的部分也納入拒絕證言權的部分。」
2005年4月15日，就在勁永公司傳出做假帳消息，檢調同時掌握，前經濟日報記者陳令軒曾在報導中，放出不實消息，案件還在審理中，陳令軒以30萬交保，遭限制出境。
記者主張新聞自由，該如何拿捏分寸，在記者沒有涉及犯罪的前提下，新聞自由，是否應該充分被保障。
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