針對國務機要費，總統府就憲法52條，總統有刑事豁免權，以及主張總統有國家機密特權，這2部分聲請釋憲，大法官下午做出解釋，表示總統任職期間，不得為犯罪嫌疑人或被告，進行偵察、起訴，而只要總統認定為機密的文件，就有權不公開，也就是認定，總統享有國家機密特權。
大法官根據憲法所賦予總統權力的解釋，對於國務機要費的審理，可能造成影響；首先是檢察官起訴時，認定陳水扁是共同正犯，和大法官認定，總統不得被以犯罪嫌疑人偵訊，有所抵觸，另外針對機密文件部分，大法官認定，總統有權決定不公開，審理期間也隨時可以送交核定為機密，這對國務費案的審理，相關證據的調閱，都可能造成極大的影響。
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