馬英九判定無罪，法院在判決書中，明列檢察官侯寬仁用誘導式問話偵訊證人，登載筆錄與證人原意不符，因此不能列為證據，而且法官也認為，特別費是實質補貼，加上馬英九既沒有犯意，也沒有使用詐術，因此判決無罪。
馬英九特別費案一審無罪，翻開判決書，原因就在法官認為檢方的證據力和公款說不足採信，在總計40頁的判決書裡，法官將起訴理由，分別是馬英九涉嫌貪汙1117萬，市府人員的筆錄證言和依法特別費是公款，以及馬英九也在筆錄坦承的公款說一一詳列後，法官再一一以「證據力」和「實質補貼說」分別回應。
首先，法官認為，檢方不可以只依馬英九的帳戶，再運用加減法，就「猜想」出這1千多萬的數字，這部份不能搆成證據，同理也在人證市府出納吳麗洳的身上，法官在認定檢察官侯寬仁確有假設性問話，並把語助詞「嗯，對」當成肯定答案。台北地院發言人劉壽嵩：「有一些對啊、嗯啊，這一些用語並不是在回答他具體的問題，因此認為說這個和事實不符。」
對於特別費到底是公款還是私款，法官還特別引經據典，從宋朝到民國的歷史沿革中發現，特別費當初設立的用意就是對首長的實質補貼，至於，檢方認為馬英九在偵訊時有坦承特別費是公款，法官認為侯寬仁有曲解馬英九原意之嫌。
劉壽嵩：「起訴書認為他知道那是公款，但是筆錄記載裡面都有列出來認為這個是馬英九的意思，和檢察官的認定是有出入的，也就是馬英九先生並沒有認為這是公款，在檢察官的偵訊筆錄中並沒有坦承。」
對於馬英九究竟有沒有意圖，並使用詐術，判決書上也有說明。劉壽嵩：「既然認為它是實質補貼的話，從構成要件來看，馬英九先生他沒有意圖不法，所有的問題，也沒有用詐術，使這些會計或是審計人員陷於錯誤。」
在整起特別費宣判上，法官強調，馬英九會被判無罪，主要都是在要件不構成犯罪，貪汙罪如此背信罪也是，而這份判決會引起什麼樣的效應，值得觀察。
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