這次颱風也影響到花東地區，蘇花公路和台9線壽卡至新路路段出現多處坍方，如果要走替代道路199縣道，從牡丹進到屏東，就得多繞一個多小時，而在花蓮沿岸，一公尺高的長浪，竟然還將一隻海豚打上七星潭沙灘，台東的雨勢，也讓知本水位站到達一級警戒水位，造成南迴公路暫時封閉。
大雨嘩啦嘩啦的下，柏油路面被雨水沖刷到砂石掉落，殘破不堪，台九線壽卡至新路路段出現多處坍方。記者vs.遊覽車司機：「可以從牡丹199改下去，那我們這種大車沒有辦法過去啊，為什麼因為那邊比較小是不是，對對對，所以大車就只能等，就在這邊等啊。」
走替代道路199縣道，從牡丹進到屏東，得要多繞一個多小時，不想繞路，等待車輛大排長龍，預計要到晚上8點才會搶通。另外，蘇花公路部分，受到颱風影響，多處零星坍方，28日晚間8點封閉。民眾：「我7點就到了，就不通啊沒辦法。」
民眾：「12點前多久，還是12點，寫的糊理糊塗的。」
目前蘇花公路已經搶通完成，29日上午9點已經放行，花蓮海邊揚起陣陣浪花，激起一公尺高的長浪，一隻海豚就這麼被打上七星潭沙灘，岸巡人員合力想抬起海豚，一次不成功再試一次，5個人用盡全力，要將海豚扛回海巡署，清晨6點，岸巡人員在執行觀浪勸離勤務時，發現了這隻海豚。
岸巡人員：「發現的時候就已經立即連絡中華民國經鯨豚育協會的人員了，那他們表示說，因為現在蘇花公路中斷的情況之下，封閉的情況之下，他們要到中午的時候，才有辦法來做現場堪樣。」
再往南走，台東的雨勢也不小，溪水湍急，知本的溫泉橋，知本水位站也已經到達一級警戒水位，狀況岌岌可危，康芮颱風讓東部地區持續有雨 ，用路人隨時注意公路狀況，以免白跑一趟。
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