內政部長李鴻源之前說，苗栗大埔案和台南鐵路東移案，是很類似的土地徵收案，讓土地徵收爭議，燒向綠營政治明星，台南市長賴清德，他特地北上，要在行政院會，當著李鴻源的面，講清楚，沒想到李鴻源缺席沒來，賴清德怒氣難消，召開記者會，他說，寧可相信李鴻源是無心之過，不過怎麼身為部長，自己卻搞不清楚！
內政部長李鴻源：「不管叫區段徵收、一般徵收，還是市地重劃，我的重點是在談土徵條例。」
把台南鐵路東移案，和最近爭議不斷的大埔案擺在一起，媒體焦點也跟著轉到台南市長賴清德身上，就怕負面標籤一起貼過來，賴清德特地北上參加行政院會，要和內政部長李鴻源當面說清楚，講明白，不過李鴻源人在防災應變中心，根本沒來。台南市長賴清德：「很可惜，(李鴻源)今天沒有出席行政院會，特別請江院長跟各部會首長，一定要清楚，2個縣市之間的不同。」
內政部長李鴻源：「沒有針對個人，其實我從頭到尾，沒有談到個人，我跟(賴清德)很熟。」
接受訪問，腳步也沒停下來，就怕多講被解讀成「錯誤發言」，李鴻源輕鬆出招，說大埔案和南鐵案，一樣都是徵收，對賴清德來說，可沒這麼簡單！李鴻源這一句話，到底是有心還是無意？台南市長賴清德：「如果主管內政的部長都誤解的話，我寧可相信部長是無心之過。」
隔空槓上李鴻源！就是不想在這個節骨眼，和苗栗大埔案，扯上關係，之前反台南鐵路東移自救會，才衝撞民進黨部，要賴清德不要變成民進黨的苗栗縣長劉政鴻，賴清德也極力撇清，火車鐵路將台南市一分為二，地下化，有公益性和必要性，賴清德和李鴻源，分別都是藍綠明日之星，還是成大的學長學弟，兩人友誼會不會因此出現裂痕？賴清德更怕2014選前，因為李鴻源一句話，壞了自己形象！
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