太魯閣出軌事故發生第三天，交通部長林佳龍在晚間11點，透過交通部和個人臉書發出聲明稿，表示將在搶救的工作暫告一段落之後，不戀棧職位、負起完全責任，辭去交通部長一職，但也表示因為在第一線協助搶救，才不便即時向大家報告這項決定。
交通部長林佳龍：「我們的台鐵還有還有工程團隊，也在評估從南口能夠來同步進行。」
但在這之前，林佳龍才剛視察完，太魯閣號搶修現場，當時接受媒體訪問，並沒有鬆口，而是事後才在臉書說，很抱歉因為在第一線協助搶救，不便即時向大家報告這項決定，但其實早就傳出，林佳龍已經口頭向總統府請辭，還傳出林佳龍在事故發生當天，爬到車廂內看到血肉模糊。
交通部長林佳龍：「職位不重要，重要的是把這次的災害，事故的傷害能夠降到最低。」
4日上午林佳龍被媒體問到是否請辭，沒有正面回答，但行政院證實林佳龍，已經口頭向蘇貞昌請辭，蘇貞昌也表達肯定林部長負責任態度，但強調先把搶修搶通工作做好。
交通部長林佳龍：「事故發生的第一時間，我就有講，我會負起最後的責任，負責任的事情我不會迴避。」
林佳龍的態度和說法從一天到第三天，姿態都放很低不斷強調這件事會負政治責任。
民進黨立委許智傑：「身為部長要有擔當，我建議林佳龍部長，宣示改革台鐵民營化的決心。」
喊出要負起政治責任，林佳龍終於宣布請辭，但在這之前，還有更多的搶救、搶修、撫卹、疏運，以及調查等工作等著交通部和台鐵，這交通部長，可不能真的一走了之。
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