救災過後，最令人擔心的就是災區的衛生問題，嘉義民雄淹水嚴重，很多養豬戶根本來不及把豬撤走，留在柵欄裡面活活淹死，居民看了怵目驚心，但是現在更怕的是，來不及清運的豬隻已經開始浮腫發臭，為了避免爆發傳染病，國軍部隊也開始到災區消毒。
國軍部隊沿路消毒，因為除了救災，最重要的就是災民的健康問題，嘉義民雄地區淹水嚴重，很多養豬戶根本來不及把豬運走，損失慘重。養豬協會理事長：「淹死的餓死的總共2萬5千頭，這兩天都一直加強發生災害的豬寮消毒，把淹死的豬，趕快送去焚化。」
柵欄裡面的全都是生產完的母豬，原本和小豬關在一起，現在母豬溺水死了，小豬也被水沖走，人力不足，根本來不及清運。民眾：「飯都吃不下，水也不能喝。」記者：「怕傳染病？」民眾：「對呀，很怕會有傳染病。」
嘉義地區將近2萬頭豬被大水淹死，損失難以估計，民眾看了擔心害怕，就怕接下來滋生蚊蠅，爆發傳染病。消毒過後第一件要做的事情，就是得鋸斷扭曲的欄杆，把死豬盡快焚化。
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