檢察官侯寬仁偵辦「太極門養小鬼」案件，遭太極門質疑有多項疏失，報請監察院調查，經過審理之後，認定台灣高等法院檢察署必須調查處理，因此侯寬仁一連多件案件都遭到調查，包括雲林縣廢土棄置廠弊案和製作筆錄有疏失情形，侯寬仁最後遭口頭警告、申誡一次。
民國85年，太極門團體遭質疑涉嫌斂財案件，太極門也質疑檢察官侯寬仁的辦案過程，監察院審理後，確認有瑕疵，交給法務部開會決定，不過，這件案子已經10多年，超過懲戒時效。
這個案子侯寬仁沒事，太極門發聲明表達不滿，但侯寬仁連帶好幾條，包括總統馬英九機要費案，台北市政府員工吳麗汝筆錄登記不實，也被追究。
廢土處置場的弊案侯寬仁也被認定訊問過程，用語欠妥當，被命令「以後要注意一點」，風波不斷的侯寬仁，又被懲處，本人沒有回應，但法務部再度要求，檢查官辦案得照規矩。
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