菲律賓挾持案，雖然罹難者的遺體已經返回香港，但是整起事件並沒有隨之落幕，罹難者家屬對於菲國所做的驗屍報告，出現質疑的聲浪，因為有版本是說，8名死者中，身中2槍的有2個人，其餘都是身中1槍，但是也有另一個版本說，只有1個人中了2槍，另外7個人是被一槍斃命，報告的數據兜不攏，有3名罹難者的家屬，堅持要回到香港之後，才要進行驗屍，來釐清死因。
見到菲律賓挾持案罹難者棺木返抵國門，家屬哭斷腸，除了悲傷之外，就是趕緊釐清罹難者的真正死亡原因，到底是死在誰的槍口下。
港大病理學副教授馬宣立：「如果有幾個遺體都是類似彈孔，我們能推測這幾個人是被同一把槍所殺。」
根據香港明報的報導，8名死者當中，有梁太太的先生和一個女兒中了2槍，其餘的6人都是身中一槍，而這8人中槍部位，都集中在上半身，不過根據CNN的掌握，8名死者當中，只有1人身中2槍，其餘的7人都是中1槍，但是中槍部位不確定，中槍情形兜不攏，受害者家屬不相信菲國的驗屍報告，所以到目前為止，8名死者當中，還有3名死者，其中包含領隊謝廷駿，尚未解剖驗屍，家屬希望回港之後，由港府協助驗屍。
挾持現場槍聲大作，而攻堅當時歹徒與警方都是使用子彈較長的M16步槍，現在菲國警方懷疑歹徒也有使用子彈較為短的手槍，但是專家表示，在彈道比對時，如果歹徒是近距離對人質開槍，子彈槍會穿過身體，不留體內，人質若是被警察誤殺，射擊距離較遠，子彈留在體內機會大，而菲律賓警方公布最新調查報告，證實歹徒確實有使用手槍射擊。
TVB記者：「找到歹徒使用的M16步槍和約60個彈殼進行檢驗，發現其中31個彈殼來自歹徒的另外2支手槍。」
面對外界質疑菲國警方誤殺人質，可是馬尼拉警察局長篤定表明遇害的8名人質，絕非死於菲國警察的槍口下。馬尼拉警察局長：「作為一個警察，我不相信警察會殺害人質。」記者：「你可以給保證嗎？」馬尼拉警察局長：「完全可以保證，我很百分百的確定。」
儘管重申警方絕對沒有誤殺人質，可是這起挾持事件，已經有4名特種部隊員警遭到停職並接受調查，挾持案的後續效應還沒結束。
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