行政院環境保護署為改善河川污染、清淨鄉村空氣品質，同時落實畜牧糞尿循環經濟回收氮肥政策，參酌國外畜牧糞尿資源化作法，改變以往傳統將畜牧糞水視為廢棄物加強管制之作法，採取推動畜牧糞尿肥分利用策略。自105年起推動至本（107）年5月31日止，全國已有299場畜牧場取得畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用同意，加上符合放流水標準水資源回收澆灌利用28場，施灌面積961公頃；減少畜牧糞尿排入河川，有機污染物削減量1萬3,655公噸/年，相當於249座日處理量1萬公噸礫間接觸氧化設施的有機污染物削減量；回收氮肥利用量337公噸/年。在政府推動畜牧糞尿資源利用措施多管齊下，創造畜牧業翻轉的契機，讓畜牧業從污染製造者轉換成資源提供者，是30年來畜牧業管理的重大政策轉變，提供畜牧業及農民最好的服務，讓河川重獲生機。
就目前已參與沼液沼渣施灌農地農民來說，
- 回收氮肥利用量相當於台肥5號肥料5萬2,659包，每年節省肥料錢約1,790萬元，且利用管灌及溝灌，亦節省施肥人工費用，並推動有機農業。
- 環保署至農地現場訪查時，常接獲使用經驗正向效益回饋，例如：稻子易結穗，產量增加；檸檬不易受蟲害，較為青綠；香蕉枝幹較為強壯，葉子青翠；玉米較為清甜等。
- 環保署補助地方政府購置沼液沼渣集運車輛、施灌機具及農地貯存槽，以協助建立施灌營運體系及增加施灌靈活度。目前已核定補助高雄市、雲林縣及屏東縣等計13輛集運施灌車輛及43個農地貯存桶，花蓮縣正申請中。
- 環保署辦理農民團體媒合說明會或於農會推廣課程說明，以協助農牧媒合，擴充施灌農地，同時為加速媒合施灌農地，已建置網路農牧媒合平台，提供畜牧業者與農民e化平台登錄沼液沼渣產量與施灌農地資料，供業者主動聯繫配對或由地方政府協助接洽。
實施畜牧糞尿沼液沼渣農地肥分使用對畜牧業者來說，
- 可節省廢水處理設施第三段好氧曝氣處理之操作經費（占整體操作電費之84%），資源化利用部分無需繳納水污染防治費。
- 環保署與地方政府合作，並引進社會資源，透過目的事業之產業團體，擴大政府服務量能及延伸服務據點，共同合作協助畜牧業者檢測沼液沼渣成分、監測土壤及地下水背景值及撰寫申請肥分使用計畫書等，並協助送審。另辦理219場說明會及30場觀摩會，以促進畜牧業及農民瞭解政策內容、協助媒合施灌農地，並加速配合政策執行。
- 環保署補助地方政府購置沼液沼渣集運車輛、施灌機具及農地貯存槽，協助畜牧業順利運送沼液沼渣施灌。
- 環保署為推動沼液沼渣作為農地肥分使用，已提供多項經濟誘因與補助，且在環保署官網已建置畜牧糞尿資源化利用網頁（https://water.epa.gov.tw/Page1_3.aspx），將法令規定、補助辦法、申請表件、政策執行、推動誘因等納入網頁，供畜牧業者、能源業者參考運用。
- 104年11月24日發布修正訂定「沼液沼渣農地肥分使用」專章，共10條，提供法源。
- 105年10月28日發布修正擴大沼液沼渣農地肥分使用適用對象、簡化檢測項目由19項減少為11項、申請程序簡化與增加管理彈性等內容，共同擴大參與。
- 106年12月27日發布修正簡化畜牧廢水資源化處理申請程序及申報內容，原核准肥分計畫施灌農地周界三公里範圍內，增加施灌農地者免重新申請；畜牧業放流水回收再利用，不需檢測回收水質，減輕畜牧業負擔。
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