規模6.4的地震發生後，南台灣陸續傳出有珍貴古蹟嚴重受損，其中，台南有345歷史的武廟，屋脊上的七層玲瓏寶塔，被震斷成兩層，最為嚴重，而高雄市的中都唐榮磚窯廠，將近有百年歷史，地震後，南煙囪被斷裂、北煙囪位移，怕還會有餘震，主管單位已經請專家評估，盡快修復。
33公尺高的磚砌煙囪，頂端明顯缺了一角，地震當時目擊整個過程的阿公嚇了一跳。目擊者：「煙囪裡面有灰燼嘛，磚頭掉下去以後，灰跑出來，整個都煙霧瀰漫。」
建於日據時代，1913年的台灣煉瓦會社打狗工場，是全台第一座八卦窯的磚窯廠，2004年被列為國定古蹟，可惜經費不足，兩根煙囪當中，只維護北邊一根，南邊煙囪不只看起來歷經滄桑，這回更不敵地震斷裂。居民：「很可惜，已經這麼老舊一定會壞，應該要好保存。」
而台南市內，有345年歷史的祀典武廟，也禁不起地震搖晃，屋脊上的寶塔被震斷。祀典武廟員工周靜玫：「差不多搖到一半的時候，我就往上看呀，就看到那個塔，有點類似像山崩落石，砰砰砰就整個滾下來，掉下來。」
比比看地震前後，七層玲瓏寶塔現在只剩底下兩層，露出長長一根鋼筋，其他部分從廟頂摔下來，已經變成一塊一塊碎片。廟方員工：「生鏽就沒辦法，支撐力不夠，它就攔腰折斷。」
建於1665年的祀典武廟，1983年就被列為一級古蹟，儘管有定期維護，但廟方表示，最近一次只有做外觀整修，沒發現寶塔已經不夠堅固，而文建會已經成立緊急應變處理小組，加速啟動修復工程。
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