醫院可分公立、財團法人與私立醫院，其中公立醫院享有稅制優惠，私人醫院則是必須乖乖繳稅，而介於中間的財團法人醫院屬於捐助人捐財產給社會、並藉此抵稅。應該歸類為公益性、為公共的醫院，董事會要為社會監督醫院，不過部分財團醫院董事會由少數人把持、萬年不變，打著公益得到免稅，卻以經營企業的態度做醫療，引發批評。
長庚醫院2016年現金股利就直逼162億，新光、亞東醫院也都持有母集團大量股票，這股利美食街、停車場等等金雞母，都不需要繳稅，因為他們都是財團法人型醫院。
前衛生署長楊志良：「財團法人醫院它就是一個公共的醫院，醫院發生弊端的話，政府可以解散它的董事會，如果這個財團法人醫院不再經營的話，它的財產要歸政府。」
業界再進一步從發起人的類型，把財團法人醫院分成三類，例如，長庚、新光、亞東屬於企業型，馬偕、慈濟屬於宗教型，秀傳、宏恩、中興醫院等都屬於一般型。他們都可以減免綜所稅，宗教型部分可免房屋稅，而營利事業所得稅，更只有醫療本業需要繳稅，稅法還有再開大門。
前衛生署長楊志良：「大的這些財團法人醫院，事實上都有相當的結餘，有60%以上，是用在醫療照護上面的話就可以免稅，所以它們幾乎都免稅。」
政治大學財政系教授何怡澄：「不需要課稅的這個部分，如果是虧損的話，可以讓它先彌補虧損之後，以淨額再去課稅因為這樣子的對待，所以醫療財團法人有相當程度可能性，會把它的費用從非稅的部分，移轉到應稅的部分。」
現在政府對於醫院，採取請院方提供財報的中密度審查，但光從帳面上其實很難看出資金流向，研究醫院財稅狀態十多年的學者指出，台灣的醫療免稅一年至少讓政府，少了五、六十億的稅收。
政治大學財政系教授何怡澄：「在美國如果說是醫療院所的話，它費用移轉的程度大概是六成，那根據資料顯示，我們台灣的醫療財團法人，它的費用移轉程度大概是80%左右。」
甚至採購昂貴的醫療設備，不需要攤平到每年成本，而是可以一次抵扣，成為不少財團法人醫院節稅良方，進一步拉大與中小型醫院的差距。
醫改會副執行長朱顯光：「享有免稅的優惠以後，就開始做軍備競賽開始擴充分院，然後就把很多社區重要的，中小型醫院給打趴了，對我們的分級醫療或轉診制度，也是一個很大的威脅，那這些中小型醫院它們要乖乖繳稅。」
只要提供10%的醫務結餘，做公益與社區服務，就能節省17%的營所稅，但是這筆錢到底怎麼被拿來做公益，審查卻相對寬鬆。
醫改會副執行長朱顯光：「社福金到底會不會淪為醫院的私房錢，很多我們調查說其實絕大部分的社工，都不了解說醫院的社福金到底金額有多少，甚至很多社區的病友團體，也不知道各醫院的社福金要怎麼申請怎麼使用，反而變成是私房錢。」
學者指出台灣財團法人醫院，只要一開始在成立宗旨，寫上公益性質就能得到免稅身分，相較於美國的做法，醫院必須做到公益事實，才能申請免稅有根本上的不同。
政治大學財政系教授何怡澄：「我們可以看到，這些組織它是做到了什麼事情，我們再給它這個稅務優惠的對待，而不是我先天就給這些醫院免稅。」
打著公益大旗享受免稅福利，實際上卻採取營利事業，計算營收的經營態度，萬年董事會也缺乏社會參與，終於掀起醫界波瀾。
前衛生署長楊志良：「太多人把錢放在第一位，這是不對的，因為你有病患所以我們要付你錢，不是因為你要生存所以我們要付你錢。」
財團法人醫院，能否回歸到成立宗旨真的服務社會，新醫療法的修正政府的監督，會不會真的帶來改變各界都在關注。
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