霸佔行政院事件，學者質疑，學生阻礙政府運作，侵害一般納稅人權益，抗議行動已經被無限上綱，另外活動訴求從要求逐條審查的程序正義，變成要求退回服貿，但學生不能代表贊成服貿的民眾，強迫政府接受，等於是另一種獨裁，不過也有學者認為，政府一開始沒把服貿說清楚，隨後又強渡關山，導致情勢失控，就連馬總統出面，姿態也不夠軟，加上立院、政院相繼淪陷，相關單位都該負責。
抗議服貿的戰場，從立法院打進行政院，讓全台灣民眾度過最驚心動魄的一夜，學者各打50大板，直言學生不該無限上綱，政府也不應動用暴力、招致反彈。台大哲學系教授林火旺：「行政院是老百姓每天要涉及的東西啊，你不能讓他這樣做，所以驅離是合理的，可是驅離的過程當中，確實有暴力事件發生，那我覺得這是絕對不應該的，所以當你政府在譴責暴力的時候，你不能用暴力的方式對待學生。」
台北教育大學教授莊淇銘：「如果你能集結到，200萬、300萬人然後靜坐，讓整個國民黨去改變，好事情啊，可是你去攻佔立法院，或是攻佔行政院，請問一下，立法院是全民的立法院，不是你的立法院，那行政院也是全民的行政院，都是拿我們人民的納稅血汗錢的。」
從兩岸談判開始至今，已經超過1年，如果不是引爆學運，服貿是什麼，恐怕沒人會關心，雖然陸委會強調，從去年6月開始，早就跟經濟部合作，舉辦巡迴座談、產業說明會不下300場，但顯然流於形式，坊間耳語照樣滿天飛，後來執政黨又錯估民意，讓反服貿集會演變成霸佔國會，接著缺乏警覺，讓近在咫尺的行政院迅速淪陷，在在凸顯政府螺絲鬆動，實在該好好檢討。
台北教育大學教授莊淇銘：「就像以前簽ECFA一樣嘛，(爭議)這是必然的現象，那已經知道會有這種情況，你就應該事先防範，沒有事先防範出了事情以後，又沒有積極地去面對，所以造成今天這麼大的爭議，(攻佔)訊息可以早點掌握，早防止的話，今天社會就不必付出這麼大的代價跟成本嘛，所以今天這些事件，到最後要來驅離，這整個過程，我覺得國安單位責無旁貸。」
也有學者批評，當初學生攻佔立院後，雖然總統馬英九表態回應，但身段不夠軟，危機處理不及格，才讓風暴越滾越大。台大哲學系教授林火旺：「我認為(馬總統)他，應該說的是說，我們政府有點疏失，我覺得這件事情滿遺憾的，然後才談說，但為了多數人民正常的生活，或者大多數人民利益，我們應該這樣做，其實我覺得馬總統應該，請這些學生進入總統府，因為傳統中國的概念，大家都有些面子問題嘛，所以學生就無限上綱，然後這邊就非常強硬，絕對不能接受，可是事實上民主政治，是一種妥協。」
但不管如何，正反雙方僵持不下，最終是由社會付出成本，長期研究政治哲學的台大教授林火旺強調，執政黨違法在先，激發學生行使公民不服從，堅持程序正義，因此獲得社會掌聲，但當訴求成了退回服貿，忽略贊成民眾的意見，恐怕就很難獲得認同。
台大哲學系教授林火旺：「我認為程序正義這件事，學生站得住腳，因為事實上70%的人，贊成要逐條審查，但是學生上綱到退回服貿，這件事情，我就認為它不是程序正義，那是實質正義，實質正義就是對於政策的內容本身，有人有爭議，你不能說照我的才對，如果你認為馬英九，覺得他這樣做，硬要強渡關山是獨裁，那你要求別人接受你，也是獨裁心態。」
服貿協定從政府由上而下的宣導，到學生霸佔國會，由下而上地質疑和發聲，學習對話付出代價，也是台灣民主成熟的過程。
